Доње Црнатово је смештено десно од регионалног пута Прокупље – Топличко Кочане и југоисточно 8 километара од Житорађе. Окружено је атарима Бадњевца и Горњег Црнатова и Горњег и Доњег Дреновца. Простире се на укупној површини од 657 хектара од чега су 543 хектара под ораницама.
За разлику од осталих села на данашњој територији општине Житорађа, која се помињу у турском дефтеру из петнаестог века, Доње Црнатово није наведено, али то не значи да није постојало пре пописа из 1444-1445. године. На овај закључак наводи и податак да у поменутом дефтеру недостаје неколико првих страница.
Међу приложницима за обнову цркве Св. Прокопија у Прокупљу у првом Тефтеру владике нишког Јоанкија из 1734. године помињу се и „…от Горне Црнатово Никола, од Доне Црнатово Риза…“ Овај тефтер се чува у патријаршијској цркви у Сремским Карловцима.
Село је старо и потпадало је под турску власт као власништво неког турског бега. Према предању о постанку села најстарији домаћини били су Крсто и Марко, обојица пореклом из Пуковца (данашња општина Дољевац). Куће су им биле на два удаљена брега, што је бегу отежавало прикупљање данка. Зато бег нареди да се Крстко и Марко преселе на место које им је он одредио, али они одбију. Онда их бег пресели тако што им нареди да један другоме пођу у сусрет, полазећи истовремено са својих брегова. На месту где су се сусрели подигну ново село и назову га Доње Црнатово, као успомену на „црни дан“ када су се померили са својих прадедовских огњишта и сишли са брегова у „доње“ низине.
Староседеоци у Доњем Црнатову воде порекло из Пуковца и са Власине а у деветнаестом веку овде су се доселили и неки из Држановца и околине Крушевца, док Анђелковићи воде порекло из Црне Горе. Зато их називају „Црногорчад“. Међу првим досељеницима у селу помињу се Вељковићи и Марковићи. Стошићи су из околине Ужица.
Према државном попису из 1878. године Доње Црнатово је имало 29 пореских глава а према црквеом попису из 1900. године 30 домаћинстава. У 1961. години село је имало 709 а две деценије касније 554. становника. Број домаћинстава повећан је у том периоду са 145 на 151. У петогодишњем периоду (1990-1994. године) рођена су укупно двадесет и четири детета.
Школа у Доњем Црнатову основана је крајем деветнаестог века и поред школе у Житорађи, Ђакусу и Дубову настарија је у општини Житорађа. У писму које је начелник Среза добричког упутио 24. августа 1880. године Начелства Округа топличког обавештава да је општина Бадњевачка подигла нову школу у Црнатову, где јој је и судница. Он даље описује да је школа истина подигнута од слабог материјала али да одговара потреби једне основне школе у селу и на крају моли да се за исту учитељ што пре постави.
Да се отвори стална четвороразредна школа одлучио је министар просвете и црквених послова о чему писмом од 26. септембра 1898. године обавештава начелика Среза добричког у Прокупљу. Председник суда општине Доње Црнатовачке, који је у то време имао широка овлашћења и надлежности, 2. октобра исте године, обавештава начелника Среза добричког „да су нужне потребе школске као у учила набављена“ и да ће ову школску општину сачињавати села Доње Црнатово, Горње Црнатово, Грудаш, Топоница, Горњи Дреновац, Доњи Дреновац, Бадњевац и Јасеница. До тада су ђаци из Топонице, Грудаша и Јасенице похађали школу у Житорађи.
Прва учитељица је била Василија Поповић из Ниша, која се овде задржала пуних шест година а 1905. године прешла у Бели Поток (тадашњи тимочки округ). Уместо ње постављен је учитељ Димитрије Грудановић, затим Страшимир Ружић, који је у овом селу службовао четири године. Најдуже се задржао учитељ Вицко Вастић, који је остао у веома лепом сећању старијих генерација. Радио је овде све до 1925. године када је отишао у Прилеп на службу.
Данас осморазредном одељењу у Доњем Црнатову припадају и четвороразредна одељења у Дреновцу, Горњем Црнатову, Грудашу и Бадњевцу. У минулој школској години похађало је 150 ученика. У истој згради васпитно-образовним радом Дечјег вртића „Прва радост“ Житорађа од пре 24 године обухваћена су и деца предшколског узраста из ових шест села.
Поред школе је уз асвалтни пут Здравствена амбуланта Дома здравља Житорађа која је 1997. године запошљавала пет радника од чега два лекара, једног зубара и два медицинска техничара . Здравствену заштиту овде остварују и осигураници из суседних села.
Уз школство и задругарство овде имало је дугу традицију. Земљорадничка задруга „Победа“ основана је 1956. године и бавила се производњом пшенице, кукуруза, сунцокрета и других култура. Организован је откуп кромпира, пасуља, грожђа, шумских и других производа. Од печурки овде су заступљене „лисичарке“ и „вргањ“. Има их у Црнатовачкој шуми, код Асановца и других места.
Земљорадничка задруга „Победа“ 1997. године у свом саставу имала је фарму јуница капацитета 300 грла у турнусу, живинарску фарму кока носиља капацитета 12.000 комада, машински парк, економију од 60 хектара и под закупом око 80 хектара земље, као и 15 сопствених продавница.
Развој и пословни успеси „Победе“ нераскидиво су везани за Десимира Миладиновића, дугогодишњег радника и директора који је цео свој радни век провео у овом колективу. У периоду велике инфлације и санкција једина је ова задруга имала инвестиције. Миладиновић је више година био на челу Месне заједнице Доње Црнатово, три пута је биран за одборника Скупштине општине Житорађа, а био је и Народни посланик.
Становништво овог села се претежно бави пољопривредом а посебно ратарском производњом и сточарством. Преко седамесет одсто домаћинстава има тракторе а скоро свако је имао стоку и живину. Доње Црнатово је било познато и по традиционалној изложби стоке и по квалитетник сортама говеда. Пре четврт века у згради Задружног дома овде је отворен и погон нишке четкаре „Нада Томић“.
Село краси Храм Светог Симеона Мироточивог, чија је градња започета 2004. године. Иконостас и комплетно фрескописање урађено је у периоду од 2008. до 2009. године. У веома је добром стању. Димензије храма су 11×5 метара а у продужетку налази се и звоник димензије 3×2,5 метара.
Већина домаћинстава има купатила и савремено уређена дворишта која су пред широких улица и сеоских путева паралелно постављених тако да се село делује као урбанихзовано и по овом „имиџу“ је препознатљиво. Продајну мережу чинило је пет продавница. Млади су имали велику салу за приредбе и забаве, која је данас у функцији. Но, и поред тога, девојке се удају у граду а има доста неожењених младића. На селу остају и због везаности за родитеље који нису у могућности да обављају пољопривредне радове.
Село има ветеринарску станицу и пошту. Активан је био и фудбалски клуб „Победа“. Фудбалско игралиште је поред млинске зграде. Панораму села обогаћује и неколико пчелињака: Гојка Марковића, чика Лиме, Раше и Србијанке, Ивице Крстића и других. Права благодет за миран и плодан живот на селу.
Већ две године одржава се традиционално „Весело вече“ у ординацији Народне библиотеке и Месне заједнице Доње Црнатово. Прошле године испред некадашњег Задружног дома представили су се инструменталисти, певачи, плесачи, етно групе и културно – уметничка друштва из четири округа, који су пред бројним гледаоцима и гостима потврдили да су неуморни чувари традиције и нематеријалног културног наслеђа.
Аутор текста: Љубиша Милошевић